Il percorso museale prosegue con la narrazione degli eventi che coinvolsero gli abitanti di Colle San Magno. Nella Sala dell’assenza si descrive la progressiva mancanza di affetti, casa, cibo. Pannelli raccolgono la descrizione della situazione del paese all’ottobre del 1943, simile a quella di molti altri centri italiani. Gli uomini erano partiti per la guerra dichiarata dal fascismo a fianco dell’alleato tedesco e molti erano caduti prigionieri in paesi lontani.
Donne, anziani e bambini si trovarono a dover convivere con l’occupazione dell’esercito tedesco che, dopo aver imposto coprifuoco e requisizioni, sgomberò il paese deportando la popolazione il 14 gennaio 1944. Alcuni abitanti si rifugiarono in montagna, nelle pagliare, in rifugi di fortuna e alla vecchia Miniera. La fame ed un inverno particolarmente duro ridussero i profughi allo stremo.